RTCの時刻データが破壊しているが、どのような原因が考えられますか?

リアルタイムクロック使い方

最も考えられるのはVDD (電源) の瞬断を含めた電圧低下です。他には絶対最大定格以上の電圧印加、スパークノイズによるデータ破壊が想定されます。
RTC自身が時刻データをリセット／書き換えすることはありません。